Футбольный клуб «Санта Эмилия» из Уругвая был основан в 1884 году группой иммигрантов из Италии. Первоначально клуб был известен под названием «Спортивный клуб им. Дж. Гарибальди». Команда выступала в региональных лигах Уругвая и не имела особых успехов.

В начале XX века «Санта Эмилия» сменила название и стала называться «Атлетико Спортман Клуб». Под новым названием клуб начал добиваться первых успехов. В 1912 году команда стала чемпионом Уругвая. В последующие годы «Атлетико Спортман Клуб» еще дважды выигрывала национальный чемпионат.

В 1920-х годах клуб вновь сменил название и стал называться «Футбольный клуб «Санта Эмилия». Под этим названием команда выступала в чемпионате Уругвая до 1930 года, после чего была расформирована.

Во второй половине XX века клуб был возрожден под названием «Спортивный клуб «Санта Эмилия». Команда выступала в региональных лигах Уругвая и не имела особых успехов. В 2000-х годах клуб был расформирован окончательно.

«Санта Эмилия» была одним из первых футбольных клубов Уругвая. Команда дважды выигрывала национальный чемпионат и представляла страну в международных турнирах. «Санта Эмилия» была одной из самых популярных команд Уругвая в начале XX века.