АФК «Уолдон» потерял свой оригинальным стадион «Уолдон Парк» после бандирования клуба в начале 1990-х, а право на название клуба, цвета и трофеи перешло новому клубу, названном AFC Wimbledon, образованном в 2002.

Ориginal Wimbledon F.C. продолжал существовать как «Уолдон Ф.К.», и после нисходящей серии в лиге клуб получил повышение в Национальную лигу при спонсорской поддержкы от малайзийского инвестора, бывшего игрока в футбол Винни Тан. 20 ноября 2002 клуб переехал на стадион «Кингсмедоу» в Кингстоне-на-テムзе.

В 2003 клуб продал права на свое название и эмлему новому клубу AFC Wimbledon. Последующая судебная тяжба с AFC Wimbledon закончились урежением, по которому «Уолдон» получил единоразовую выплату, в то же самое врема AFC Wimbledon прекратил использовать имя «Уолдон» в названиях своих групп поддержки или в других целях.

В 2004 клуб с помощью поддержки местных бизнесменов приобрел стадион «Плау Лейн», а в 2008 клуб получил повышение в лигу «Футбол Конференция». Спуттся 11 месяцев клуб провел 36 матчей без пропусков мячей и побим рекорд «Торки United» (34 игры) в Футболе Конференции.

После завершении второй части сезона 2009–10 лиги «В» Футбола Конференции клуб снова получил повышение в лигу «А», а после завершении сезона 2014–15 снова получил понижение в лигу «B». В конце сезона 2015–16 клуб отказался от участия в лиге, и 23 мая 2016 клуб объявил о закрытии.

В 2020 клуб снова принял участие в футболе, присоединяясь к «Oriental Combination League», а 1 августа 2020 клуб снова вышел на стадион «Плау Лейн» после его реконструкции. После сезон 2020–21 клуб получил повышение в лигу «Combined Counties League Division One», а в 2021–22 снова получил повышение в лигу «Southern Combination League Division One Central».