Футбольный клуб «Амвракия Костакион» был основан в 1930 году в городе Арта. Долгое время команда выступала в региональных лигах, пока в сезоне 1976/77 не завоевала право выступать во второй национальной лиге Греции. В этом дивизионе клуб провел 11 сезонов, но так и не сумел пробиться в высшую лигу.
В 1988 году «Амвракия Костакион» вылетел в третью лигу, где выступал до 2006 года. В сезоне 2006/07 команда заняла первое место в своей группе и вернулась во вторую лигу.
В сезоне 2008/09 «Амвракия Костакион» занял 15-е место и вылетел в третью лигу. В следующем сезоне команда заняла первое место в своей группе и вернулась во вторую лигу.
В сезоне 2011/12 «Амвракия Костакион» занял 13-е место и вылетел в третью лигу. В сезоне 2012/13 команда заняла первое место в своей группе и вернулась во вторую лигу.
В сезоне 2014/15 клуб завоевал бронзовые медали во второй лиге и впервые в своей истории получил право выступать в высшей лиге Греции. Однако из-за финансовых проблем «Амвракия Костакион» не был допущен к участию в высшей лиге и был отправлен в третью лигу.
В сезоне 2015/16 команда заняла 1-е место в своей группе и вернулась во вторую лигу.
Домашний стадион клуба — «Зосимадес», вмещающий 4 000 зрителей.
В 1988 году «Амвракия Костакион» вылетел в третью лигу, где выступал до 2006 года. В сезоне 2006/07 команда заняла первое место в своей группе и вернулась во вторую лигу.
В сезоне 2008/09 «Амвракия Костакион» занял 15-е место и вылетел в третью лигу. В следующем сезоне команда заняла первое место в своей группе и вернулась во вторую лигу.
В сезоне 2011/12 «Амвракия Костакион» занял 13-е место и вылетел в третью лигу. В сезоне 2012/13 команда заняла первое место в своей группе и вернулась во вторую лигу.
В сезоне 2014/15 клуб завоевал бронзовые медали во второй лиге и впервые в своей истории получил право выступать в высшей лиге Греции. Однако из-за финансовых проблем «Амвракия Костакион» не был допущен к участию в высшей лиге и был отправлен в третью лигу.
В сезоне 2015/16 команда заняла 1-е место в своей группе и вернулась во вторую лигу.
Домашний стадион клуба — «Зосимадес», вмещающий 4 000 зрителей.